FTA,협정

FTA사후적용 환급 신청 기한

법덕후 2025. 11. 13. 22:00
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안녕하세요.

오늘은 수입신고가 수리된 이후에 원산지증명서를 받아서 FTA사후적용을 진행한 경우 환급을 청구할 수 있는 기한에 대해 정리해 보았습니다.

 

[1] FTA사후적용 근거

우리나라와 FTA를 체결한 국가로부터 생산된 물품을 수입하고, 해당 물품에 대해 FTA 원산지증명서가 발급되었다면 기본관세율보다 낮은 FTA특혜관세율을 적용할 수 있습니다.

이때, 원산지증명서가 있다고 해서 자동으로 FTA협정세율이 적용되는 것은 아니고 수입신고와 별개로 협정관세를 적용하겠다고 신청해야 하는데요. 협정관세 적용신청은 수입신고와 함께 또는 수입신고수리 후 1년 이내의 범위에서 사후 신청이 가능합니다. 

협정관세 사후적용과 관련된 규정은 FTA관세법 제9조를 보시면 됩니다.

 

자유무역협정의이행을위한관세법의특례에관한법률 제9조(협정관세 사후적용의 신청)
① 수입신고의 수리 전까지 제8조에 따른 협정관세의 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 협정관세의 적용을 신청할 수 있다.
② 수입자(제8조 및 이 조 제1항에 따라 협정관세 적용을 신청한 수입자는 제외)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정한 날부터 3개월 이내로서 대통령령으로 정하는 기간 이내에 협정관세의 사후적용을 신청할 수 있다. 
1. 수입자가 「관세법」 제87조에 따라 품목분류가 변경되어 같은 제38조의3제1항 전단에 따라 수정신고를 하는 경우: 수입자가 수정신고를 한 날
2. 세관장이 수입자가 신고한 품목분류와 다른 품목분류를 적용하여 「관세법」 제38조의3제6항 또는 제39조제2항에 따라 관세를 징수하는 경우: 수입자가 「관세법」 제39조제3항에 따른 납부고지를 받은 날

 

수입신고가 수리 후 사후적용을 신청하는 경우 수입신고 당시에는 기본관세율을 적용하여 관, 부가세를 납부하게 되는데요. 납부했던 세금은 FTA 사후적용을 신청하여 승인을 받게 되면 세관에 환급신청하여 돌려받을 수 있습니다.

 

[2] FTA사후적용에 따른 경정청구 및 환급

자유무역협정의이행을위한관세법의특례에관한법률 제9조(협정관세 사후적용의 신청)
...(중략)...

⑤ 제1항 또는 제2항에 따라 협정관세의 적용을 신청한 수입자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 물품에 대하여 이미 납부한 세액의 경정(更正)을 청구할 수 있다. 이 경우 경정청구를 받은 세관장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 협정관세의 적용 및 세액의 경정 여부를 청구인에게 통지하여야 한다. 
⑥ 세관장은 제5항에 따라 경정을 청구한 세액을 심사한 결과 타당하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하고 납부한 세액과 납부하여야 할 세액의 차액을 환급하여야 한다. 
⑦ 제5항 및 제6항에 따른 세액의 경정 및 환급에 관하여는 「관세법」 제38조의3제3항부터 제6항까지, 제46조, 제47조 및 제48조를 준용한다. 


FTA사후적용을 신청하여 승인을 받게 되면 세관으로부터 돌려받는 세금이 생기게 됩니다.

즉, FTA사후적용 신청 = 세관에 돌려받을 세금이 있다고 신청하는 절차 = 일종의 경정청구라고 할 수 있는데요.

FTA사후적용 신청에 따른 경정청구 및 환급절차는 위 규정에서 보시는 바와 같이 관세법에서 정하는 바에 따릅니다. 


1. 경정청구절차

관세법 제38조의3(수정 및 경정) 
③ 납세의무자는 최초의 신고 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되는 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 납부한 세액이 과다한 것을 알게 되었을 때에는 제2항에 따른 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부한 세액의 경정을 세관장에게 청구할 수 있다.
④ 세관장은 제2항 또는 제3항에 따른 경정의 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 세액을 경정하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.
⑤ 제2항 또는 제3항에 따라 경정을 청구한 자가 제4항에 따라 2개월 이내에 통지를 받지 못한 경우에는 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제5장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.
⑥ 세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항 및 제3항에 따라 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족하다는 것을 알게 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다.

 

FTA사후적용에 따른 경정청구절차는 관세법 제38조의3 제3항부터 제6항까지의 규정을 준용합니다. 

3항은 소송에 대한 판결 그밖에 특별한 사유가 발생한 경우 원칙적인 경정청구 기간에도 불구하고 경정청구를 할 수 있는 예외 규정에 해당하고요. 

4항부터 6항까지는 일반적인 경정청구 및 경정에 대한 절차라고 보시면 됩니다. 납세의무자가 경정을 청구하면 세관은 2개월 이내 경정하거나 경정 기각 통지를 해야 한다는 내용입니다. 


2. 환급절차

세관에서 FTA사후적용에 따른 경정청구를 승인해주면 납세의무자는 환급을 신청하여 납부했던 세금을 돌려받을 수 있습니다. 이때 환급절차는 관세법 제46조~제48조를 준용하죠. 간단히 요약하면 다음과 같습니다. 

관세법 제46조(관세환급금의 환급) - 납세자가 환급을 신청하면 30일 이내 환급해주어야 함.

관세법 제47조(과다환급관세의 징수) - 환급액이 과다한 경우 지급받은 자로부터 과다지급된 금액을 징수함.

관세법 제48조(관세환급가산금)

 

드디어 오늘의 주제입니다.

FTA사후적용에 따른 경정청구가 승인되었다면 해당 건에 대한 환급신청은 언제까지 할 수 있을까요?

 

[3] FTA사후적용에 따른 환급청구권 소멸시효

환급을 신청할 수 있는 기한은 FTA사후적용에 따른 경정청구 및 환급절차와 동일한 순서대로 판단하면 됩니다. 

우선 (1) FTA관세법에서 환급청구기한에 대해 따로 규정하고 있는지 살펴보고, (2) FTA관세법에서 정한 사항이 없다면 관세법 규정에 따르면 되는데요. FTA관세법에서는 환급청구권의 소멸시효에 대해 따로 규정하고 있지 않으므로 결국은 관세법과 동일하게 적용된다고 보시면 됩니다. 

 

관세법 제22조(관세징수권 등의 소멸시효) ② 납세자가 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액 또는 그 밖의 관세의 환급청구권은 그 권리를 행사할 수 있는 날부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다. 
③ 제1항에 따른 관세의 징수권과 제2항에 따른 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액 또는 그 밖의 관세의 환급청구권을 행사할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

 

위 규정에 따라 관세 환급은 그 권리를 행사할 수 있는 날로부터 5년동안 신청(청구)할 수 있는데요. 이때 그 권리를 행사할 수 있는 날은 다음과 같습니다. 환급청구권 소멸시효의 기산일이라고 하죠. (관세법시행령제7조제2항)

1. 법 제38조의3제6항에 따른 경정으로 인한 환급의 경우에는 경정결정일
2. 착오납부 또는 이중납부로 인한 환급의 경우에는 그 납부일
3. 법 제106조제1항에 따른 계약과 상이한 물품 등에 대한 환급의 경우에는 당해 물품의 수출신고수리일 또는 보세공장반입신고일
3의2. 법 제106조제3항 및 제4항에 따른 폐기, 멸실, 변질, 또는 손상된 물품에 대한 환급의 경우에는 해당 물품이 폐기, 멸실, 변질 또는 손상된 날
3의3. 법 제106조의2제1항에 따른 수입한 상태 그대로 수출되는 자가사용물품에 대한 환급의 경우에는 수출신고가 수리된 날. 다만, 수출신고가 생략되는 물품의 경우에는 운송수단에 적재된 날로 한다.
3의4. 법 제106조의2제2항에 따라 국제무역선, 국제무역기 또는 보세판매장에서 구입한 후 환불한 물품에 대한 환급의 경우에는 해당 물품이 환불된 날
3의5. 종합보세구역에서 물품을 판매하는 자가 법 제199조의2 및 이 영 제216조의5제2항의 규정에 의하여 환급받고자 하는 경우에는 동규정에 의한 환급에 필요한 서류의 제출일
4. 수입신고 또는 입항전수입신고를 하고 관세를 납부한 후 법 제250조의 규정에 의하여 신고가 취하 또는 각하된 경우에는 신고의 취하일 또는 각하일
5. 적법하게 납부한 후 법률의 개정으로 인하여 환급하는 경우에는 그 법률의 시행일

 

간단히 보면 수입신고 정정으로 인한 환급은  거의 대부분 1.번에 해당하고요. 나머지 조항은 그 외의 특수한 상황으로 인한 환급이라고 보시면 됩니다. 

FTA사후적용으로 인한 환급도 결국은 기존 수입신고한 내역에서 세율을 변경하면서 발생한 것이므로 1번에 해당합니다. 즉, FTA사후적용에 따른 환급은 경정결정일 = FTA사후적용 승인일로부터 5년 이내에 환급신청이 이루어져야 합니다.

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