안녕하세요. 오늘은 수정수입세금계산서 운영에 관한 발급지침의 주요 개정내용에 대해 정리해 보았습니다.
개정된 지침은 25년 12월 한 달간 의견수렴을 거쳐 올해 1월 1일부터 본격 시행되고 있는데요.
이번 개정은 행정적 해석 논란이 있었던 수정수입세금계산서 미발급 사유를 구체화함으로써 납세자의 예측가능성을 높이고 기업의 성실신고를 유도한다는 취지에서 이루어졌습니다.
개정내용을 살펴보기에 앞서 먼저 수정수입세금계산서에 대해 살펴봐야겠죠?
[1] 수정수입세금계산서란?
부가가치세법 제35조(수입세금계산서)
① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의 2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.
② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.
1. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우(제3호에 따라 수정신고하는 경우는 제외한다)
2. 「관세법」에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우(수입하는 자가 해당 재화의 수입과 관련하여 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로 한정한다)
가. 「관세법」 제270조(제271조제2항에 따른 미수범의 경우를 포함한다), 제270조의2 또는 제276조를 위반하여 고발되거나 같은 법 제311조에 따라 통고처분을 받은 경우
나. 「관세법」 제42조제2항에 따른 부정한 행위 또는 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제1항제1호 단서에 따른 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우
다. 수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우
3. 수입하는 자가 세관공무원의 관세조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액이 결정 또는 경정될 것을 미리 알고 그 결정ㆍ경정 전에 「관세법」에 따라 수정신고하는 경우(해당 재화의 수입과 관련하여 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우로 한정한다)
물품의 수입은 부가가치세법상 과세대상에 해당하여 수입물품에는 부가세가 부과되고요. 이때, 납부한 부가세에 대해서는 부가가치세법 제35조에 따라 수입세금계산서가 발급됩니다.
다만, 수입시 납부했던 부가세는 수입신고 오류 등 다양한 사유로 당초 납부한 금액보다 많아질 수 있습니다. 세관에서 경정 처분을 할 수도 있고, 수입자가 오류를 발견해서 스스로 정정 후 부족한 세금을 추가로 납부할 수도 있죠.
이와 같이 세액이 바뀌어도 상기 법 조문에 따라 수정수입세금계산서를 발급받을 수 있는 것이 원칙인데요. 일부 예외사유에 해당하는 경우에는 수정수입세금계산서가 발급되지 않습니다.
이때, 수정수입세금계산서 발급 운영지침이 세관장이 수정수입세금계산서의 발급 여부를 결정하고 그 집행에 형평성, 통일성을 도모할 수 있도록 운영에 필요한 세부사항을 제시해 주는 것입니다.
[2] 지침 개정내용
수정수입세금계산서는 앞서 [1]에서 살펴본 바와 같이 수입자가 수정신고를 하거나 세관에서 경정 처분하는 경우 발급하는 것이 원칙인데요. 다만, 법령에서 정하고 있는 미발급 사유에 해당하는 경우 예외적으로 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 하고 있습니다.
수정수입계산서가 발급되지 않으면 추가 납부한 부가세에 대해서는 매입세액 공제를 받을 수 없기 때문에 납세자에게는 불이익으로 작용하게 되죠.
이번 개정 지침에서 확인할 수 있는 수정수입세금계산서 미발급 사유는 아래와 같이 크게 4가지 범주로 나누어볼 수 있는데요. 제목만 봐도 느낌이 오실 것 같습니다. 죄를 짓거나, 세관에 비협조적이거나, 실수로 인정하기 어려운 아주 중대한 하자에 해당하는 경우를 수정수입세금계산서 미발급 사유로 정하고 있죠.
구체적인 내용은 맨 아래 첨부드린 지침 내용을 참고하시면 좋을 것 같습니다.
1. 고발, 통고처분을 받거나 부정한 행위로 과소신고한 경우
가. 「관세법」 제270조(제271조제2항에 따른 미수범의 경우를 포함한다), 제270조의2 또는 제276조를 위반하여 고발되거나 같은 법 제311조에 따라 통고처분을 받은 경우
나. 「관세법」 제42조제2항에 따른 부정한 행위 또는 「자유무역협정의이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조제1항제1호 단서에 따른 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우
고발, 통고 처분을 받았거나 세금을 탈루할 목적으로 부정한 행위를 한 것이 적발되는 경우에는 당연하게도 수정수입세금계산서를 발급해주지 않습니다.
수정수입세금계산서가 발급되지 않은 위반행위에 대한 근거규정은 아래와 같이 정리해 볼 수 있는데요. 크게 관세법으로서 고발당하거나 통고처분을 받는 경우 그리고 부정한 행위를 통해 과소신고한 경우로 나누어집니다.
(1) 관세법에 따라 고발 또는 통고처분을 받은 경우
관세법 제270조9(관세포탈죄 등)
관세법 제270조의2(가격조작죄)
관세법 제276조(허위신고죄 등)
관세법 제311조(통고처분)
(2) 부정한 행위로 과소신고한 경우
① 관세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 행위로써 아래에 해당하는 경우( 관세법제42조제2항 단서)
- 이중송품장, 이중계약서 등 허위증명 또는 허위문서의 작성이나 수취
- 세액심사에 필요한 자료의 파기
- 관세부과의 근거가 되는 행위나 거래의 조작, 은폐
- 그밖에 관세를 포탈하거나 환급 또는 감면을 받기 위한 부정한 행위
② 수입자가 아래에 해당하는 부정한 행위로 협정관세의 적용을 신청하여 부족세액이 발생한 경우(FTA관세법제 36조 제1항 제1호 단서)
- 수입자가 원산지증명서를 거짓으로 작성하거나 위조, 변조하는 행위
- 수입자가 관세의 과세표준 또는 세액계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하기 위하여 원산지증빙서류 등 세액심사에 필요한 자료를 파기하는 행위
- 그밖에 협정관세를 적용받기 위한 부정한 행위
2. 특수관계자간 거래 시 요청받은 과세자료를 제출하지 않은 경우
다. 「관세법」 제37조의4제1항 및 제2항에 따라 세관장이 과세가격의 결정과 관계되는 자료 및 증명자료를 제출하도록 요구하였으나 수입자가 같은 조 제3항에 따른 기한까지 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출하는 경우
두번째 미발급 사유는 관세법 제37조의4와 관련이 있습니다.
특수관계자 간 거래에서는 그 관계가 수입물품의 가격에 영향을 끼칠 수 있기 때문에 과세가격의 적정성을 심사하기 위해서는 특수관계자 간 상호출자현황, 내부가격 결정자료, 감사보고서 등 방대한 자료가 필요합니다.
그래서, 관세법에서는 특수관계자의 과세자료 제출에 관한 규정을 별도로 규정하게 되는데요..
바로 관세법 제37조의4입니다.
이렇게 특수관계자간 거래 시 제출해야 하는 과세자료에 대한 규정을 별도로 정해놓고, 세관에서 요구한 자료를 제출하지 않는 경우 지침에 따라 수정수입세금계산서를 발급하지 않겠다고 한 것이라고 할 수 있습니다.
세관에서 요구한 자료 전부를 제출하지 않는 것은 당연히 미제출에 해당하지만, 세관에서 요구한 자료의 일부를 제출하지 않는 것도 미제출로 보고 있어 유의해야 합니다. 또한, 세관에서 요구한 자료를 제출하긴 했지만 제출한 자료에서 거짓이 확인된 경우에도 미제출로 보고 수정수입세금계산서를 발급하지 않는다고 규정하고 있습니다....
특수관계자간 거래에 대해 세관에서 요구할 수 있는 자료의 범위는 다음과 같이 규정하고 있습니다.
(관세법시행령 제31조의5)
- 특수관계자 간 상호출자현황
- 수입물품 가격산출 내역 등 내부가격 결정자료와 국제거래가격 정책자료
- 수입물품 구매계약서 및 원가분담계약서
- 권리사용료, 기술도입료 및 수수료 등에 관한 계약서
- 광고 및 판매촉진 등 영업, 경영지원에 관한 계약서
- 해당 거래와 관련된 회계처리기준 및 방법
- 해외 특수관계자의 감사보고서 및 연간보고서
- 해외 대금 지급, 영수내역 및 증빙자료
- 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제33조에 따른 통합기업보고서 및 개별기업보고서
- 그 밖에 수입물품에 대한 과세가격 심사를 위하여 필요한 자료
3. 이미 통지받은 오류를 반복하는 경우
라. 관세조사등을 통하여 과세표준 또는 세액의 과소신고에 관한 오류를 통지받은 후에도「부가가치세법」 제50조에 따른 부가가치세에 관한 다음 신고 시에도 그 오류를 반복하는 경우
다음으로 세 번째 미발급 사유입니다. 관세조사 등의 과정에서 통지받은 오류를 그다음 수입신고 시 반복하는 경우에도 수정수입세금계산서가 발급되지 않습니다.
관세조사 등의 범위는 수입신고수리후세액심사, 관세조사 중 과세표준 또는 세액의 결정, 경정을 위한 조사, AEO 공인을 위한 심사, FTA관세법에 따른 원산지조사가 있습니다.
이때, 동일한 오류가 반복되는지 여부는 지침 [별표 3]의 오류 유형 구분표에 따라 점검하게 되는데요. 동일한 오류가 발생했다고 하더라도 지침에서 인정한 경우라면 수정수입세금계산서를 발급받을 수도 있으니 꼭 지침을 참고하시기 바랍니다.
4. 보정통지를 받고도 보정신청을 하지 않은 경우
마. 「관세법」 제38조의2제2항에 따라 보정신청을 하도록 통지하였으나 정당한 사유 없이 수입자가 같은 조 제1항에 따른 신청 또는 같은 법제38조의3제1항에 따른 수정신고를 하지 않은 경우
세관에서 보정할 것을 통지했음에도 불구하고 보정신청을 하지 않으면 수정수입세금계산서가 발급되지 않습니다.
다만, 아래와 같이 보정신청을 할 수 없는 정당한 사유가 있거나 세관의 통지에 의문이 있어 사전심사 등을 거친 뒤 대응하는 경우라면 수정수입세금계산서가 발급될 수 있습니다.
(1) 천재지변 등으로 인해 보정신청 기한 이내에 보정신청을 할 수 없는 경우
(2) 보정신청 통지를 받은 시점에 관세조사를 받고 있는 경우
(3) 보정신청 통지를 받은 시점에 동일한 사안에 대해 불복 또는 소송이 진행 중인 경우
5. 중대한 하자에 해당하는 경우
바. 「관세법 시행령」 제15조제1항제1호에 따른 사항을 적은 서류 또는 같은 조 제5항 각 호에 해당하는 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우(수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우는 제외한다)
마지막으로 아래 어느 하나에 해당하는 경우에는 중대한 하자로 보고 수정수입세금계산서를 발급하지 않습니다.
내용이 길어서 잘 안 읽히실 것 같은데요. 핵심은 "가격신고서"에 있습니다.
구비한 과세자료에 명확하게 나와 있거나 이미 세관과의 공식절차를 통해 확인된 내용임에도 불구하고 가격신고서에는 다르게 기재하여 신고하는 경우 단순 착오로 보기 어려운 중대한 하자로 보고 수정수입세금계산서를 발급하지 않겠다는 것이죠.
예를 들어, 가격신고서에는 수입가격이 제조원가를 기반으로 결정된다고 기재하고 그에 대한 과세자료를 제출했는데, 추후 관세조사 결과 제조원가가 아닌 국내판매가격 기반으로 결정되었음이 확인되는 경우 등이 있겠습니다.
1. 관세조사, 과세가격 결정방법 사전심사 등을 통해「관세법 시행령」제23조 제1항의 특수관계에 해당한다고 문서로 통지받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 불구하고 가격신고서에 특수관계 여부 문항을 반복적으로 사실과 다르게 “아니요”로 기재하여 신고하는 경우
2. 가격신고서에 특수관계자 거래에 따른 관세법상 수입물품 가격결정 방법 및 관련 과세가격결정자료를 거짓으로 제출한 경우
3. 관세조사, 과세가격 결정방법 사전심사 등을 통해 해당 수입물품의 처분 또는 사용에 제한이 있거나 금액으로 계산할 수 없는 조건 또는 사정이 있다고 문서로 통지받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 불구하고 가격신고서에 관련 문항을 반복적으로 사실과 다르게 “아니오”로 기재하여 신고하는 경우
4. 관세청장 또는 세관장으로부터 해당 수입물품이「관세법 시행령」제16조제1항 따른 잠정가격신고 대상이 아님을 문서로 통보받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 불구하고, 동일 수입물품에 대해 반복적으로 잠정가격신고를 하는 경우
5. 「관세법」제27조제2항에 따른 과세가격결정자료를 거짓으로 제출하거나 가격신고 내용과 명백히 다른 자료를 제출하는 경우
6. 관세조사, 과세가격 결정방법 사전심사 등을 통하여 과세가격 결정방법에 관한 통지를 받은 후에 이의제기가 없고 사실관계가 변경되지 않았음에도 불구하고 통지받은 과세가격 결정방법에 부합하지 아니하는 가격신고서를 반복적으로 제출한 경우